常见的水果，蔬菜，菌菇，药食同源的中药等都可以作为微生物酵素发酵的原料。

微生物酵素生产工艺的特点是：为了防止杂菌生长，或产生酒精，可加入酿造米醋，异麦芽糖，蔗糖和红糖；发酵周期比较长，一般为几个月至2年等。也有采用二次发酵工艺，即经过后熟工艺，得到卫生酵素产品，产品形状有液状，膏状，粉状或固体颗粒。

生产流程：

清洗--干燥--剪切--发酵--螯合--品质管控--填充包装--出仓

生产工艺：

水果酵素采用传统工艺发酵，发酵过程分为三个阶段，酵母发酵，醋酸菌发酵，乳酸菌发酵

第一阶段：酵母菌发酵—酵母菌发酵阶段把大分子转化成小分子，把淀粉转化成二氧化碳和酒精——也叫糖化作用

第二阶段：醋酸菌发酵—醋酸菌发酵阶段把酒精分解掉——也叫醋化阶段

第三结算：乳酸菌发酵阶段—乳酸在反应作用下产生益生菌——也叫熟成作用